Bæjargjá er gjá sem liggur efst á brún nokkurri skammt austan Hrafnagjár. Hún er framhald af ónefndum, slitróttum gjásprungum í Mjóanesshrauni sunnan Arnarfells. Gjáin kemur bersýnilega fram og er mest um sig skammt sunnan eyðibýlisins Gjábakka, sem gjáin er kennd við og er alls um 2500 metra löng. Hún er þó afar slitrótt á köflum og mætti frekar kalla margar gjár heldur en eina samfellda gjá. Vestari gjábarmurinn hefur sigið lítillega miðað við þann eystri. Skammt frá Gjábakka kallast Göngustígur á Bæjargjá og má þar sjá móta fyrir ógreinilegum slóðum niður að Ólafsdrætti. Um 300 metrum innar er annar stígur eða haft, sem kallast Blesi, liggja þar Gjábakkavegur og núverandi akvegur í gegn. Landspildan milli Bæjargjár og Hrafnagjár kallast Torfa. Þegar komið er austan Klukkustígs tekur gjáin töluverðan sveig til austurs og kallast þá Gildruholtsgjá.